Balík: murasaki-mpi (1.68.6-8 a iné)

[ Zdroj: murasaki  ]

homology detection tool across multiple large genomes (MPI-version)

Murasaki is a scalable and fast, language theory-based homology detection tool across multiple large genomes. It enable whole-genome scale multiple genome global alignments. Supports unlimited length gapped-seed patterns and unique TF-IDF based filtering.

Murasaki is an anchor alignment software, which is

 * exteremely fast (17 CPU hours for whole Human x Mouse genome (with
   40 nodes: 52 wall minutes))
 * scalable (Arbitrarily parallelizable across multiple nodes using MPI.
   Even a single node with 16GB of ram can handle over 1Gbp of sequence.)
 * unlimited pattern length
 * repeat tolerant
 * intelligent noise reduction

This package provides the MPI-enabled binary for murasaki. While this will speed up operation on multi-processor machines it will slow down on a single processor.

Ostatné balíky súvisiace s balíkom murasaki-mpi

• dep: libboost-filesystem1.67.0

  operácie so súborovým systémom (portabilné cesty, prechádzanie adresárov atď.) v C++

• dep: libboost-iostreams1.67.0

  knižnica Boost.Iostreams

• dep: libboost-regex1.67.0 (>= 1.67.0-10)

  knižnica regulárnych výrazov pre C++

• dep: libboost-system1.67.0

  knižnica operačného systému (napr. podpora diagnostiky)

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64]

  dep: libc6 (>= 2.3.6-6~) [i386]

  dep: libc6 (>= 2.4) [armhf]

• dep: libcrypto++6

  kryptografická knižnica na všeobecné účely - zdieľaná knižnica

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [amd64, arm64]

  podporná knižnica GCC

  dep: libgcc1 (>= 1:3.5) [armhf]

  dep: libgcc1 (>= 1:4.2) [i386]

• dep: libopenmpi3

  knižnica na vyskokovýkonné odovzdávanie správ - zdieľaná knižnica

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  štandardná knižnica C++ GNU v3

• dep: murasaki-common

  homology detection tool across multiple large genomes (common files)

Stiahnuť murasaki-mpi

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Verzia	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
amd64	1.68.6-8+b1	614.8 kB	4,026.0 kB	[zoznam súborov]
arm64	1.68.6-8+b1	548.8 kB	3,862.0 kB	[zoznam súborov]
armhf	1.68.6-8+b1	417.4 kB	2,024.0 kB	[zoznam súborov]
i386	1.68.6-8+b1	625.1 kB	3,900.0 kB	[zoznam súborov]