Balík: cufflinks (2.2.1+dfsg.1-3 a iné) [non-free]

[ Zdroj: cufflinks  ]

Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq

Cufflinks assembles transcripts, estimates their abundances, and tests for differential expression and regulation in RNA-Seq samples. It accepts aligned RNA-Seq reads and assembles the alignments into a parsimonious set of transcripts. Cufflinks then estimates the relative abundances of these transcripts based on how many reads support each one.

Značky: Biológia: Nucleic Acids, Pole: Biológia, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, Role: Program, Works with: Biologické sekvencie

Ostatné balíky súvisiace s balíkom cufflinks

• dep: libboost-serialization1.67.0

  knižnica na serializáciu pre C++

• dep: libboost-system1.67.0

  knižnica operačného systému (napr. podpora diagnostiky)

• dep: libboost-thread1.67.0

  portabilný multi-threading pre C++

• dep: libc6 (>= 2.23)

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

• dep: libgcc1 (>= 1:4.2)

  podporná knižnica GCC

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  štandardná knižnica C++ GNU v3

• dep: python

  interaktívny vysokoúrovňový objektovo orientovaný jazyk (verzia python2)

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  komprimačná knižnica - dynamická verzia

• enh: tophat

  fast splice junction mapper for RNA-Seq reads

Stiahnuť cufflinks

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Verzia	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
i386	2.2.1+dfsg.1-3+b1	1,494.9 kB	10,392.0 kB	[zoznam súborov]