Balík: tophat (2.1.1+dfsg1-2 a iné)

[ Zdroj: tophat  ]

fast splice junction mapper for RNA-Seq reads

TopHat aligns RNA-Seq reads to mammalian-sized genomes using the ultra high-throughput short read aligner Bowtie, and then analyzes the mapping results to identify splice junctions between exons. TopHat is a collaborative effort between the University of Maryland Center for Bioinformatics and Computational Biology and the University of California, Berkeley Departments of Mathematics and Molecular and Cell Biology.

Ostatné balíky súvisiace s balíkom tophat

• dep: bowtie2

  ultrafast memory-efficient short read aligner

  alebo bowtie

  Ultrafast memory-efficient short read aligner

• dep: libboost-system1.67.0

  knižnica operačného systému (napr. podpora diagnostiky)

• dep: libboost-thread1.67.0

  portabilný multi-threading pre C++

• dep: libc6 (>= 2.15)

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0)

  podporná knižnica GCC

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  štandardná knižnica C++ GNU v3

• dep: python

  interaktívny vysokoúrovňový objektovo orientovaný jazyk (verzia python2)

• dep: samtools (>= 1.5)

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  komprimačná knižnica - dynamická verzia

• sug: cufflinks

  Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq

Stiahnuť tophat

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Verzia	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
amd64	2.1.1+dfsg1-2+b1	654.2 kB	3,832.0 kB	[zoznam súborov]