Balík: repeatmasker-recon (1.08-6)

[ Zdroj: repeatmasker-recon  ]

finds repeat families from biological sequences

The RECON package implements a de novo algorithm for the identification of repeat families from biological sequences.

The program implements an approach for the de novo identification and classification of repeat sequence families that is based on extensions to the usual approach of single linkage clustering of local pairwise alignments between genomic sequences. The extensions use multiple alignment information to define the boundaries of individual copies of the repeats and to distinguish homologous but distinct repeat element families. When tested on the human genome, this approach was able to properly identify and group known transposable elements. The program, should be useful for first-pass automatic classification of repeats in newly sequenced genomes.

Ostatné balíky súvisiace s balíkom repeatmasker-recon

• dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.7) [nie arm64, ppc64el]

• dep: perl

  Practical Extraction and Report Language od Larryho Walla

Stiahnuť repeatmasker-recon

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
amd64	83.1 kB	460.0 kB	[zoznam súborov]
arm64	81.3 kB	452.0 kB	[zoznam súborov]
armel	80.6 kB	447.0 kB	[zoznam súborov]
armhf	78.0 kB	407.0 kB	[zoznam súborov]
i386	85.3 kB	471.0 kB	[zoznam súborov]
mips64el	84.4 kB	481.0 kB	[zoznam súborov]
mipsel	84.4 kB	475.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64el	85.6 kB	656.0 kB	[zoznam súborov]
s390x	81.3 kB	456.0 kB	[zoznam súborov]