Пакет: tnseq-transit (3.3.4-1)

[ Источник: tnseq-transit  ]

statistical calculations of essentiality of genes or genomic regions

This is a software that can be used to analyze Tn-Seq datasets. It includes various statistical calculations of essentiality of genes or genomic regions (including conditional essentiality between 2 conditions). These methods were developed and tested as a collaboration between the Sassetti lab (UMass) and the Ioerger lab (Texas A&M)

TRANSIT is capable of analyzing TnSeq libraries constructed with Himar1 or Tn5 datasets.

TRANSIT assumes you have already done pre-processing of raw sequencing files (.fastq) and extracted read counts into a .wig formatted file. The .wig file should contain the counts at all sites where an insertion could take place (including sites with no reads). For Himar1 datasets this is all TA sites in the genome. For Tn5 datasets this would be all nucleotides in the genome.

Другие пакеты, относящиеся к tnseq-transit

• dep: bwa

  Burrows-Wheeler Aligner

• dep: python3

  интерактивный высокоуровневый объектно-ориентированный язык (версия python3 по умолчанию)

• dep: python3-matplotlib

  Python based plotting system in a style similar to Matlab

• dep: python3-numpy

  Fast array facility to the Python language (Python 3)

• dep: python3-pil

  библиотека для работы с растровой графикой (Python3)

• dep: python3-pkg-resources

  обнаружение пакетов и доступ к ресурсам через pkg_resources

• dep: python3-pubsub

  Python 3 publish-subcribe library

• dep: python3-scipy

  scientific tools for Python 3

• dep: python3-sklearn

  Python modules for machine learning and data mining - Python 3

• dep: python3-statsmodels

  Python3 module for the estimation of statistical models

• dep: python3-wxgtk4.0

  Python 3 interface to the wxWidgets Cross-platform C++ GUI toolkit

Загрузка tnseq-transit

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	29 212,4 Кб	163 131,0 Кб	[список файлов]
arm64	29 212,4 Кб	163 131,0 Кб	[список файлов]
armel	29 212,4 Кб	163 131,0 Кб	[список файлов]
armhf	29 212,4 Кб	163 131,0 Кб	[список файлов]
i386	29 212,4 Кб	163 131,0 Кб	[список файлов]
mips64el	29 212,5 Кб	163 131,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	29 212,4 Кб	163 131,0 Кб	[список файлов]
riscv64	29 212,4 Кб	163 131,0 Кб	[список файлов]
s390x	29 212,4 Кб	163 131,0 Кб	[список файлов]