Pakiet: tnseq-transit (3.3.4-1)

[ Pakiet źródłowy: tnseq-transit  ]

statistical calculations of essentiality of genes or genomic regions

This is a software that can be used to analyze Tn-Seq datasets. It includes various statistical calculations of essentiality of genes or genomic regions (including conditional essentiality between 2 conditions). These methods were developed and tested as a collaboration between the Sassetti lab (UMass) and the Ioerger lab (Texas A&M)

TRANSIT is capable of analyzing TnSeq libraries constructed with Himar1 or Tn5 datasets.

TRANSIT assumes you have already done pre-processing of raw sequencing files (.fastq) and extracted read counts into a .wig formatted file. The .wig file should contain the counts at all sites where an insertion could take place (including sites with no reads). For Himar1 datasets this is all TA sites in the genome. For Tn5 datasets this would be all nucleotides in the genome.

Inne pakiety związane z tnseq-transit

• dep: bwa

  Burrows-Wheeler Aligner

• dep: python3

  Interaktywny, wysokopoziomowy i obiektowy język programowania (domyślna wersja Python 3)

• dep: python3-matplotlib

  System do rysowania wykresów oparty na Pythonie w stylu podobnym do Matlaba

• dep: python3-numpy

  Szybkie zarządzanie tablicami w języku Python (Python 3)

• dep: python3-pil

  Biblioteka obrazowania w Pythonie (Python 3)

• dep: python3-pkg-resources

  Wykrywanie pakietów i udostępnianie zasobów przy użyciu pkg_resources

• dep: python3-pubsub

  Python 3 publish-subcribe library

• dep: python3-scipy

  Narzędzia naukowe dla Pythona 3

• dep: python3-sklearn

  Python modules for machine learning and data mining - Python 3

• dep: python3-statsmodels

  Python3 module for the estimation of statistical models

• dep: python3-wxgtk4.0

  Python 3 interface to the wxWidgets Cross-platform C++ GUI toolkit

Pobieranie tnseq-transit

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	29 212,4 KiB	163 131,0 KiB	[lista plików]
arm64	29 212,4 KiB	163 131,0 KiB	[lista plików]
armel	29 212,4 KiB	163 131,0 KiB	[lista plików]
armhf	29 212,4 KiB	163 131,0 KiB	[lista plików]
i386	29 212,4 KiB	163 131,0 KiB	[lista plików]
mips64el	29 212,5 KiB	163 131,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	29 212,4 KiB	163 131,0 KiB	[lista plików]
riscv64	29 212,4 KiB	163 131,0 KiB	[lista plików]
s390x	29 212,4 KiB	163 131,0 KiB	[lista plików]