Пакет: proteinortho (6.3.1+dfsg-1)

[ Источник: proteinortho  ]

Detection of (Co-)orthologs in large-scale protein analysis

Proteinortho is a stand-alone tool that is geared towards large datasets and makes use of distributed computing techniques when run on multi-core hardware. It implements an extended version of the reciprocal best alignment heuristic. Proteinortho was applied to compute orthologous proteins in the complete set of all 717 eubacterial genomes available at NCBI at the beginning of 2009. Authors succeeded identifying thirty proteins present in 99% of all bacterial proteomes.

Другие пакеты, относящиеся к proteinortho

• dep: diamond-aligner (>= 2.0.10~)

  accelerated BLAST compatible local sequence aligner

• dep: libc6 (>= 2.34)

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  вспомогательная библиотека GCC OpenMP (GOMP)

• dep: liblapack3

  библиотека подпрограмм линейной алгебры вер. 3 — динамическая версия

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

• dep: ncbi-blast+

  поиск первичных биологических последовательностей

• dep: perl

  практический язык Ларри Уолла для извлечения данных и составления отчётов

• dep: procps

  утилиты для файловой системы /proc

• dep: python3

  интерактивный высокоуровневый объектно-ориентированный язык (версия python3 по умолчанию)

Загрузка proteinortho

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	341,5 Кб	1 177,0 Кб	[список файлов]
arm64	312,1 Кб	1 181,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	334,7 Кб	1 245,0 Кб	[список файлов]
s390x	310,6 Кб	1 125,0 Кб	[список файлов]