[ Источник: yanosim ]
Пакет: yanosim (0.1-5)
Ссылки для yanosim
Ресурсы Debian:
- Сообщения об ошибках
- Developer Information
- Debian журнал изменений
- Файл авторских прав
- Отслеживание заплат Debian
Исходный код yanosim:
Сопровождающие:
Внешние ресурсы:
- Сайт [github.com]
Подобные пакеты:
read simulator nanopore DRS datasets
Yanosim has three options:
1. yanosim model:
Creates an model of mismatches, insertions and deletions based on an alignment of nanopore DRS reads to a reference. Reads should be aligned to a transcriptome i.e. without spliced alignment, using minimap2. They should have the cs tag.2. yanosim quantify:
Quantify the number of reads mapping to each transcript in a reference, so that the right number of reads can be simulated.3. yanosim simulate:
Given a model created using yanosim model, and per-transcript read counts created using yanosim simulate, simulate error-prone long-reads from the given fasta file.
Другие пакеты, относящиеся к yanosim
|
|
|
|
-
- dep: python3
- интерактивный высокоуровневый объектно-ориентированный язык (версия python3 по умолчанию)
-
- dep: python3-click
- Command-Line Interface Creation Kit - Python 3.x
-
- dep: python3-numpy
- Fast array facility to the Python language (Python 3)
-
- dep: python3-pysam
- interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)
-
- dep: python3-scipy
- scientific tools for Python 3
Загрузка yanosim
Архитектура | Размер пакета | В установленном виде | Файлы |
---|---|---|---|
i386 | 9,4 Кб | 45,0 Кб | [список файлов] |