Пакет: sga (0.10.14-2) [debports]

[ Источник:  ]

de novo genome assembler that uses string graphs

The major goal of SGA is to be very memory efficient, which is achieved by using a compressed representation of DNA sequence reads.

SGA is a de novo assembler for DNA sequence reads. It is based on Gene Myers' string graph formulation of assembly and uses the FM-index/Burrows-Wheeler transform to efficiently find overlaps between sequence reads.

Другие пакеты, относящиеся к sga

• dep: libbamtools2.4.0

  Пакет недоступен

• dep: libc6 (>= 2.23)

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

• dep: libgcc1 (>= 1:3.4)

  Пакет недоступен

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  вспомогательная библиотека GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

• dep: python

  Пакет недоступен

• dep: python-pysam

  Пакет недоступен

• dep: python-ruffus

  Пакет недоступен

• dep: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  библиотека сжатия

• sug: abyss (>= 1.5.2-2)

  de novo, parallel, sequence assembler for short reads

Загрузка sga

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
sparc64 (неофициальный перенос)	770,0 Кб	2 627,0 Кб	[список файлов]