Пакет: libjellyfish-perl (2.3.1-2 и другие) [debports]

[ Источник:  ]

count k-mers in DNA sequences (Perl bindings of jellyfish)

JELLYFISH is a tool for fast, memory-efficient counting of k-mers in DNA. A k-mer is a substring of length k, and counting the occurrences of all such substrings is a central step in many analyses of DNA sequence. JELLYFISH can count k-mers using an order of magnitude less memory and an order of magnitude faster than other k-mer counting packages by using an efficient encoding of a hash table and by exploiting the "compare-and-swap" CPU instruction to increase parallelism.

JELLYFISH is a command-line program that reads FASTA and multi-FASTA files containing DNA sequences. It outputs its k-mer counts in an binary format, which can be translated into a human-readable text format using the "jellyfish dump" command.

This package contains the Perl bindings of jellyfish.

Другие пакеты, относящиеся к libjellyfish-perl

• dep: libc6 (>= 2.34)

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1)

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: perl (>= 5.38.2-2)

  практический язык Ларри Уолла для извлечения данных и составления отчётов

• dep: perlapi-5.38.2

  виртуальный пакет, предоставляемый perl-base

Загрузка libjellyfish-perl

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
hppa (неофициальный перенос)	2.3.1-2+b1	65,9 Кб	219,0 Кб	[список файлов]