Пакет: pdb2pqr (2.1.1+dfsg-5)

[ Источник: pdb2pqr  ]

Preparation of protein structures for electrostatics calculations

PDB2PQR is a Python software package that automates many of the common tasks of preparing structures for continuum electrostatics calculations. It thus provides a platform-independent utility for converting protein files in PDB format to PQR format. These tasks include:

 * Adding a limited number of missing heavy atoms to biomolecular structures
 * Determining side-chain pKas
 * Placing missing hydrogens
 * Optimizing the protein for favorable hydrogen bonding
 * Assigning charge and radius parameters from a variety of force fields

This package also includes PropKa, a tool to modify the protonation state of protein structures in the Protein Data Bank (PDB) format to match a given pKa value. It can also be used to refine NMR structures, which often yield inaccurate pKa values for some residues.

Другие пакеты, относящиеся к pdb2pqr

• dep: libc6 (>= 2.14)

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0)

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: libpython2.7 (>= 2.7)

  разделяемая библиотека Python (версия 2.7)

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

• dep: python

  интерактивный объектно-ориентированный язык высокого уровня (ветка 2.x)

• dep: python-networkx

  tool to create, manipulate and study complex networks

• dep: python-numpy

  быстрые методы работы с числовыми массивами – модуль для языка Python

• sug: apbs

  Adaptive Poisson Boltzmann Solver

• enh: autodocktools

  Пакет недоступен

Загрузка pdb2pqr

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	376,3 Кб	2 890,0 Кб	[список файлов]