Pakiet: pdb2pqr (2.1.1+dfsg-5)

[ Pakiet źródłowy: pdb2pqr  ]

Preparation of protein structures for electrostatics calculations

PDB2PQR is a Python software package that automates many of the common tasks of preparing structures for continuum electrostatics calculations. It thus provides a platform-independent utility for converting protein files in PDB format to PQR format. These tasks include:

 * Adding a limited number of missing heavy atoms to biomolecular structures
 * Determining side-chain pKas
 * Placing missing hydrogens
 * Optimizing the protein for favorable hydrogen bonding
 * Assigning charge and radius parameters from a variety of force fields

This package also includes PropKa, a tool to modify the protonation state of protein structures in the Protein Data Bank (PDB) format to match a given pKa value. It can also be used to refine NMR structures, which often yield inaccurate pKa values for some residues.

Inne pakiety związane z pdb2pqr

• dep: libc6 (>= 2.14)

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0)

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libpython2.7 (>= 2.7)

  Współdzielona biblioteka uruchomieniowa Pythona (wersja 2.7)

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

• dep: python

  Interaktywny, wysokopoziomowy język obiektowy (wersja Python2)

• dep: python-networkx

  tool to create, manipulate and study complex networks

• dep: python-numpy

  Szybkie dodawanie obiektów tablicy, moduł do języka Python

• sug: apbs

  Adaptive Poisson Boltzmann Solver

• enh: autodocktools

  Pakiet niedostępny

Pobieranie pdb2pqr

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	376,3 KiB	2 890,0 KiB	[lista plików]