Пакет: spaced (1.2.0-201605+dfsg-2)

[ Источник: spaced  ]

alignment-free sequence comparison using spaced words

Spaced (Words) is a new approach to alignment-free sequence comparison. While most alignment-free algorithms compare the word-composition of sequences, spaced uses a pattern of care and don't care positions. The occurrence of a spaced word in a sequence is then defined by the characters at the match positions only, while the characters at the don't care positions are ignored. Instead of comparing the frequencies of contiguous words in the input sequences, this new approach compares the frequencies of the spaced words according to the pre-defined pattern. An information-theoretic distance measure is then used to define pairwise distances on the set of input sequences based on their spaced-word frequencies. Systematic test runs on real and simulated sequence sets have shown that, for phylogeny reconstruction, this multiple-spaced-words approach is far superior to the classical alignment-free approach based on contiguous word frequencies.

Другие пакеты, относящиеся к spaced

• dep: libc6 (>= 2.29)

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [не armel, armhf, mipsel]

  вспомогательная библиотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [mipsel]

• dep: libgomp1 (>= 9)

  вспомогательная библиотека GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

Загрузка spaced

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	54,8 Кб	153,0 Кб	[список файлов]
arm64	48,6 Кб	133,0 Кб	[список файлов]
armel	48,1 Кб	132,0 Кб	[список файлов]
armhf	47,9 Кб	96,0 Кб	[список файлов]
i386	61,2 Кб	160,0 Кб	[список файлов]
mips64el	54,1 Кб	176,0 Кб	[список файлов]
mipsel	58,3 Кб	179,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	59,4 Кб	209,0 Кб	[список файлов]
s390x	49,7 Кб	153,0 Кб	[список файлов]