Пакет: miniasm (0.3+dfsg-2)

[ Источник: miniasm  ]

ultrafast de novo assembler for long noisy DNA sequencing reads

Miniasm is an experimental very fast OLC-based de novo assembler for noisy long reads. It takes all-vs-all read self-mappings (typically by minimap) as input and outputs an assembly graph in the GFA format. Different from mainstream assemblers, miniasm does not have a consensus step. It simply concatenates pieces of read sequences to generate the final unitig sequences. Thus the per-base error rate is similar to the raw input reads.

Теги: Биология: Нуклеиновые кислоты, Область: Биология, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c, Пользовательский интерфейс: Командная строка, Роль: role::program, science::calculation, Цель: Вычислительный, use::comparing, works-with::biological-sequence

Другие пакеты, относящиеся к miniasm

• dep: libc6 (>= 2.14)

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  библиотека сжатия

• rec: minimap

  tool for approximate mapping of long biosequences such as DNA reads

Загрузка miniasm

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	29,6 Кб	70,0 Кб	[список файлов]