Package: mafft (7.505-1)

[ Source: mafft  ]

Programa de múltiplos alinhamentos para amino ácidos ou sequências nucleotídeas

MAFFT é um programa de alinhamento de múltiplas sequências que oferece três métodos orientados a precisão:

 * L-INS-i (provavelmente o mais preciso; recomendado para <200

sequências;

   método de refinação iterativo incorporando informação de alinhamento
   pairwise),
 * G-INS-i (apropriado para sequências de comprimentos semelhantes;
   recomendado para <200 sequências; método de reginação iteractivo
   incorporando informação de alinhamento pairwise),
 * E-INS-i (apropriado para sequências que contếm grandes secções não
   alinháveis, recomendado para <200 sequências),

e cinco métodos orientados à velocidade:

 * FFT-NS-i ⁽método de refinação iterativo; apenas dois ciclos),
 * FFT-NS-i (método de refinação iterativo; máximo 1000 iterações),
 * FFT-NS-2 (rápido, método progressivo),
 * FFT-NS-1 (muito rápido, recomendado para >2000 sequências; método
   progressivo com uma árvore de guia rude),
 * NW-NS-PartTree-1 (recomendado para ~50,000 sequências; método
   progressivo com o algoritmo PartTree).

Tags: Biology: Clustal/ALN, Proteins, Field: field::biology, field::biology:bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c, interface::commandline, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: use::comparing, works-with-format::plaintext, Works with: Biological Sequence

Other Packages Related to mafft

• dep: libc6 (>= 2.29)

  Biblioteca GNU C: Bibliotecas partilhadas
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: perl

  Larry Wall's Practical Extraction and Report Language

• rec: blast2

  Package not available

• rec: libwww-perl

  Interface simples e consistente para a world-wide web

• rec: lynx

  classic non-graphical (text-mode) web browser

• rec: ruby

  Interpreter of object-oriented scripting language Ruby (default version)

• enh: t-coffee

  Multiple Sequence Alignment

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