Pacote: e-mem (1.0.1-5 e outros)

[ Fonte: e-mem  ]

Efficient computation of Maximal Exact Matches for very large genomes

E-MEM enables efficient computation of Maximal Exact Matches (MEMs) that does not use full text indexes. The algorithm uses much less space and is highly amenable to parallelization. It can compute all MEMs of minimum length 100 between the whole human and mouse genomes on a 12 core machine in 10 min and 2 GB of memory; the required memory can be as low as 600 MB. It can run efficiently genomes of any size. Extensive testing and comparison with currently best algorithms is provided.

Mummer has many different scripts where one of the key program is MEM computation. In all the scripts, the MEM computation program can be replaced with e-mem with ease for better performance.

Outros pacotes relacionados a e-mem

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64, riscv64]

  dep: libc6 (>= 2.4) [não amd64, arm64, ppc64el, riscv64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [não armel, armhf, i386, riscv64]

  Biblioteca de suporte GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386]

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  biblioteca de suporte ao GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [arm64, riscv64]

  Biblioteca C++ padrão da GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [não arm64, riscv64]

• enh: mummer

  alinhamento eficiente de seqüência para genomas completos

Download de e-mem

Baixe para todas as arquiteturas disponíveis

Arquitetura	Versão	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
amd64	1.0.1-5	34.0 kB	106.0 kB	[lista de arquivos]
arm64	1.0.1-5+b2	31.6 kB	99.0 kB	[lista de arquivos]
armel	1.0.1-5	33.9 kB	101.0 kB	[lista de arquivos]
armhf	1.0.1-5	33.6 kB	81.0 kB	[lista de arquivos]
i386	1.0.1-5	40.2 kB	117.0 kB	[lista de arquivos]
mips64el	1.0.1-5	33.7 kB	117.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64el	1.0.1-5	34.5 kB	162.0 kB	[lista de arquivos]
riscv64	1.0.1-5+b2	33.7 kB	87.0 kB	[lista de arquivos]
s390x	1.0.1-5	31.5 kB	102.0 kB	[lista de arquivos]