Pacote: canu (2.2+dfsg-5) [debports]

[ Fonte:  ]

single molecule sequence assembler for genomes

Canu is a fork of the Celera Assembler, designed for high-noise single-molecule sequencing (such as the PacBio RS II or Oxford Nanopore MinION).

Canu is a hierarchical assembly pipeline which runs in four steps:

 * Detect overlaps in high-noise sequences using MHAP
 * Generate corrected sequence consensus
 * Trim corrected sequences
 * Assemble trimmed corrected sequences

Outros pacotes relacionados a canu

• dep: gnuplot-nox

  programa de traçado interativo de linha de comando. Sem o pacote do X
  também um pacote virtual fornecido por gnuplot-qt, gnuplot-x11

  ou gnuplot

  programa de plotagem interativo e de linha de comando
  também um pacote virtual fornecido por gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb

• dep: libfilesys-df-perl

  Module to obtain filesystem disk space information

• dep: libgcc-s1 (>= 4.2)

  Biblioteca de suporte GCC

• dep: libgomp1 (>= 6)

  biblioteca de suporte ao GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libsnappy1v5 (>= 1.1.10)

  biblioteca de compressão/descompressão rápida

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  Biblioteca C++ padrão da GNU v3

• dep: mhap

  locality-sensitive hashing to detect long-read overlaps

• dep: perl

  Linguagem de extração e relatórios prática de Larry Wall

• sug: nanopolish

  consensus caller for nanopore sequencing data

Download de canu

Baixe para todas as arquiteturas disponíveis

Arquitetura	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
ppc64 (porte não oficial)	1,419.2 kB	17,724.0 kB	[lista de arquivos]