Pacote: nanopolish (0.13.3-2) [debports]

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consensus caller for nanopore sequencing data

Nanopolish uses a signal-level hidden Markov model for consensus calling of nanopore genome sequencing data. It can perform signal-level analysis of Oxford Nanopore sequencing data. Nanopolish can calculate an improved consensus sequence for a draft genome assembly, detect base modifications, call SNPs and indels with respect to a reference genome and more.

Outros pacotes relacionados a nanopolish

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4)

  Biblioteca de suporte GCC

• dep: libgomp1 (>= 6)

  biblioteca de suporte ao GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libhdf5-103-1

  HDF5 C runtime files - serial version

• dep: libhts3 (>= 1.10)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libstdc++6 (>= 9)

  Biblioteca C++ padrão da GNU v3

• dep: perl

  Linguagem de extração e relatórios prática de Larry Wall

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  biblioteca de compressão - runtime (tempo de execução)

• rec: python3-biopython

  Python3 library for bioinformatics

• rec: python3-pysam

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

• sug: make

  utilitário para compilação direta

• sug: perl

  Linguagem de extração e relatórios prática de Larry Wall

Download de nanopolish

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Arquitetura	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
ppc64 (porte não oficial)	2,208.6 kB	9,987.0 kB	[lista de arquivos]