Pacote: indelible (1.03-6 e outros)

[ Fonte: indelible  ]

powerful and flexible simulator of biological evolution

INDELible is a new, portable, and flexible application for biological sequence simulation that combines many features in the same place for the first time. Using a length-dependent model of indel formation it can simulate evolution of multi-partitioned nucleotide, amino-acid, or codon data sets through the processes of insertion, deletion, and substitution in continuous time.

Nucleotide simulations may use the general unrestricted model or the general time reversible model and its derivatives, and amino-acid simulations can be conducted using fifteen different empirical rate matrices. Substitution rate heterogeneity can be modeled via the continuous and discrete gamma distributions, with or without a proportion of invariant sites. INDELible can also simulate under non-homogeneous and non-stationary conditions where evolutionary models are permitted to change across a phylogeny.

Unique among indel simulation programs, INDELible offers the ability to simulate using codon models that exhibit nonsynonymous/synonymous rate ratio heterogeneity among sites and/or lineages.

Outros pacotes relacionados a indelible

• dep: libc6 (>= 2.34) [não alpha, arm64, ia64, loong64, sh4]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [loong64, sh4]

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [não armel, armhf, hppa, ia64, m68k, sh4]

  Biblioteca de suporte GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.3.4) [sh4]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Biblioteca de suporte GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Biblioteca de suporte GCC

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  Biblioteca C++ padrão da GNU v3

• dep: libunwind8 [ia64]

  biblioteca para determinar a cadeia de chamadas de um programa - execução

Download de indelible

Baixe para todas as arquiteturas disponíveis

Arquitetura	Versão	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
alpha (porte não oficial)	1.03-6	374.6 kB	1,440.0 kB	[lista de arquivos]
amd64	1.03-6	383.2 kB	1,375.0 kB	[lista de arquivos]
arm64	1.03-6+b1	359.4 kB	1,312.0 kB	[lista de arquivos]
armel	1.03-6	386.8 kB	1,338.0 kB	[lista de arquivos]
armhf	1.03-6	374.3 kB	1,130.0 kB	[lista de arquivos]
hppa (porte não oficial)	1.03-6	379.9 kB	1,360.0 kB	[lista de arquivos]
i386	1.03-6	400.4 kB	1,422.0 kB	[lista de arquivos]
ia64 (porte não oficial)	1.03-6	455.4 kB	2,083.0 kB	[lista de arquivos]
loong64 (porte não oficial)	1.03-6	364.0 kB	1,327.0 kB	[lista de arquivos]
m68k (porte não oficial)	1.03-6	377.1 kB	1,358.0 kB	[lista de arquivos]
mips64el	1.03-6	361.2 kB	1,388.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64 (porte não oficial)	1.03-6	382.5 kB	1,375.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64el	1.03-6	388.1 kB	1,375.0 kB	[lista de arquivos]
riscv64	1.03-6	389.7 kB	1,191.0 kB	[lista de arquivos]
s390x	1.03-6	385.9 kB	1,327.0 kB	[lista de arquivos]
sh4 (porte não oficial)	1.03-6	452.8 kB	1,374.0 kB	[lista de arquivos]
sparc64 (porte não oficial)	1.03-6	360.7 kB	1,634.0 kB	[lista de arquivos]
x32 (porte não oficial)	1.03-6	381.4 kB	1,338.0 kB	[lista de arquivos]