seleção de modelos mais ajustados para evolução proteica
PROTTEST (ModelTest's relative) é um programa para selecionar o modelo da
evolução proteica que melhor se ajusta a dado conjunto de sequências (alinhamento).
Este programa java é baseado no programa Phyml (para cálculos de probabilidade
máxima e otimização de parâmetros) e usa a biblioteca PAL
também. Modelos incluídos são matrizes de substituição empírica (tais como WAG,
LG, mtREV, Dayhoff, DCMut, JTT, VT, Blosum62, CpREV, RtREV, MtMam,
MtArt, HIVb e HIVw) que indicam taxas relativas de substituição de
aminoácidos e melhorias específicas (+I: locais invariáveis, +G: heterogeneidade
de taxas entre locais, +F: frequências de aminoácidos observados) para
lidar com as restrições evolucionárias impostas pela conservação de
estrutura e função proteicas. ProtTest usa o Critério de Informação de
Akaike (AIC) e outras estatísticas (AICc e BIC) para encontrar quais dos
modelos candidatos melhor se ajustam aos dados em mãos.
