Pakiet: pizzly (0.37.3+ds-9)

[ Pakiet źródłowy: pizzly  ]

Identifies gene fusions in RNA sequencing data

For the interpretation of the transcriptome (the abundance and sequence of RNA) of tomour cells one is particularly interested in transcripts that cannot be mapped to single genes but that are seen to be fused as parts from two genes. Likely eplanations are chromosomal translocations.

Pizzly can identify novel such peculiarities, building on interpretations on variable splicing by the tool kallisto. Both tools are elements of the bcbio workflow.

Inne pakiety związane z pizzly

• dep: kallisto

  near-optimal RNA-Seq quantification

• dep: libc6 (>= 2.34)

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libstdc++6 (>= 12)

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

• dep: python3

  Interaktywny, wysokopoziomowy i obiektowy język programowania (domyślna wersja Python 3)

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

• rec: python3-h5py

  general-purpose Python interface to hdf5

Pobieranie pizzly

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
s390x	249,8 KiB	876,0 KiB	[lista plików]