Pakiet: pizzly (0.37.3+ds-10)

[ Pakiet źródłowy: pizzly  ]

Pakiet eksperymentalny

Ostrzeżenie: Pakiet pochodzi z dystrybucji eksperymentalnej. Oznacza to, że prawdopodobnie jest niestabilny lub zawiera błędy i może spowodować nawet utratę danych. Przed użyciem pakietu proszę koniecznie zapoznać się z dziennikiem zmian i inną dostępną dokumentacją.

Identifies gene fusions in RNA sequencing data

For the interpretation of the transcriptome (the abundance and sequence of RNA) of tomour cells one is particularly interested in transcripts that cannot be mapped to single genes but that are seen to be fused as parts from two genes. Likely eplanations are chromosomal translocations.

Pizzly can identify novel such peculiarities, building on interpretations on variable splicing by the tool kallisto. Both tools are elements of the bcbio workflow.

Inne pakiety związane z pizzly

• dep: kallisto

  near-optimal RNA-Seq quantification

• dep: libc6 (>= 2.38)

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

• rec: python3-h5py

  general-purpose Python interface to hdf5

Pobieranie pizzly

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
s390x	299,1 KiB	952,0 KiB	[lista plików]