Pakiet: ampliconnoise (1.29-15 i inne)

[ Pakiet źródłowy: ampliconnoise  ]

Usuwanie szumu z 454 zsekwencjonowanych amplikonów PCR

AmpliconNoise to pakiet programów do czyszczenia danych sekwencyjnych o wysokiej przepustowości. Składa się z trzech głównych części:

Pyronoise - wykonuje klastrowanie oparte na flowgramie w celu wykrycia

            błędnych odczytów.

SeqNoise - usuwa mutacje punktowe PCR. Perseus - usuwa chimery PCR bez konieczności stosowania zestawu

            sekwencji referencyjnych.

Wcześniej istniał niezależny "Pyronoise", napisany przez tych samych autorów, a ten pakiet zawiera zaktualizowaną wersję. W Qiime występuje również "Denoiser", który jest z nim powiązany, ale odrębny.

Znaczniki: Rola: Program

Inne pakiety związane z ampliconnoise

• dep: libc6 (>= 2.34)

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

• dep: libgsl28 (>= 2.8+dfsg)

  GNU Scientific Library (GSL) -- library package

• dep: libopenmpi40 (>= 5.0.6)

  high performance message passing library -- shared library

• dep: mafft

  Multiple alignment program for amino acid or nucleotide sequences

• rec: mpi-default-bin

  Standard MPI runtime programs (metapackage)

Pobieranie ampliconnoise

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
arm64	1.29-15+b1	1 073,3 KiB	2 400,0 KiB	[lista plików]