Pakiet: stringtie (2.2.1+ds-3 i inne) [debports]
Odnośniki dla stringtie
Zasoby systemu Debian:
Pobieranie pakietu źródłowego :
Nie znalezionoOpiekunowie:
Zasoby zewnętrzne:
- Strona internetowa [ccb.jhu.edu]
Podobne pakiety:
assemble short RNAseq reads to transcripts
The abundance of transcripts in a human tissue sample can be determined by RNA sequencing. The exact sequence sampled may be random, depending on the technology used. And it may be short, i.e. shorter than the transcript. At some point, many shorter reads need to be assembled to the model the complete transcripts.
StringTie knows how to assemble of RNA-Seq into potential transcripts without the need of a reference genome and provides a quantification also of the splice variants.
Inne pakiety związane z stringtie
|
|
|
|
-
- dep: libc6.1 (>= 2.34)
- Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.4)
- Biblioteka wspomagająca GCC
-
- dep: libhts3t64 (>= 1.17)
- C library for high-throughput sequencing data formats
-
- dep: libstdc++6 (>= 4.1.1)
- Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3
-
- dep: python3
- Interaktywny, wysokopoziomowy i obiektowy język programowania (domyślna wersja Python 3)
-
- rec: stringtie-examples
- Pakiet niedostępny
-
- sug: cufflinks
- Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq
Pobieranie stringtie
Architektura | Wersja | Rozmiar pakietu | Rozmiar po instalacji | Pliki |
---|---|---|---|---|
alpha (port nieoficjalny) | 2.2.1+ds-3+b1 | 377,7 KiB | 1 263,0 KiB | [lista plików] |