Paquet : stringtie (2.2.1+ds-3 et autres) [debports]

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assemble short RNAseq reads to transcripts

The abundance of transcripts in a human tissue sample can be determined by RNA sequencing. The exact sequence sampled may be random, depending on the technology used. And it may be short, i.e. shorter than the transcript. At some point, many shorter reads need to be assembled to the model the complete transcripts.

StringTie knows how to assemble of RNA-Seq into potential transcripts without the need of a reference genome and provides a quantification also of the splice variants.

Autres paquets associés à stringtie

• dep: libc6.1 (>= 2.34)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.4)

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libhts3t64 (>= 1.17)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libstdc++6 (>= 4.1.1)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

• rec: stringtie-examples

  Paquet indisponible

• sug: cufflinks

  Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq

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Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	2.2.1+ds-3+b1	377,7 ko	1 263,0 ko	[liste des fichiers]