Pakiet: khmer (3.0.0~a3+dfsg-9~0exp i inne)

[ Pakiet źródłowy: khmer  ]

Pakiet eksperymentalny

Ostrzeżenie: Pakiet pochodzi z dystrybucji eksperymentalnej. Oznacza to, że prawdopodobnie jest niestabilny lub zawiera błędy i może spowodować nawet utratę danych. Przed użyciem pakietu proszę koniecznie zapoznać się z dziennikiem zmian i inną dostępną dokumentacją.

Zliczanie k-merów sekwencji DNA w pamięci, filtrowanie i przeglądanie wykresów

khmer to biblioteka i zestaw narzędzi wiersza poleceń do pracy z sekwencją DNA. Jest skierowany przede wszystkim do krótkich odczytów danych sekwencjonowania, takich jak te wytwarzane przez platformę Illumina. khmer przyjmuje podejście skoncentrowane na k-merach do analizy sekwencji, i stąd wywodzi się jego nazwa.

Znaczniki: Biologia: Fasta/Pearson, Kwasy nukleinowe, Dziedzina: field::biology, field::biology:bioinformatics, Zaimplementowane w: implemented-in::c++, implemented-in::python, Interfejs użytkownika: Wiersz poleceń, Rola: role::program, use::analysing, Przeznaczenie: Porównywanie, Filtrowanie

Inne pakiety związane z khmer

• dep: khmer-common

  common files for the khmer project tools

• dep: libbz2-1.0

  Wysokiej jakości biblioteka kompresji plików - wersja uruchomieniowa

• dep: libc6 (>= 2.38)

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.4)

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  Biblioteka wspierająca GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

  dep: python3 (<< 3.13)

  dep: python3 (>= 3.12~)

• dep: python3-screed

  short nucleotide read sequence utils in Python 3

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.4)

  Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

Pobieranie khmer

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	3.0.0~a3+dfsg-9~0exp+b1	7 061,4 KiB	40 948,0 KiB	[lista plików]