Pakiet: bali-phy (4.0~beta2+dfsg-1) [debports]

[ Pakiet źródłowy:  ]

Pakiet eksperymentalny

Ostrzeżenie: Pakiet pochodzi z dystrybucji eksperymentalnej. Oznacza to, że prawdopodobnie jest niestabilny lub zawiera błędy i może spowodować nawet utratę danych. Przed użyciem pakietu proszę koniecznie zapoznać się z dziennikiem zmian i inną dostępną dokumentacją.

Bayesian Inference of Alignment and Phylogeny

BAli-Phy estimates multiple sequence alignments and evolutionary trees from unaligned DNA, amino acid, or codon sequences. BAli-Phy uses MCMC to estimate evolutionary trees, positive selection, and branch lengths while averaging over alternative alignments. BAli-Phy can display alignment ambiguity graphically in an alignment uncertainty (AU) plot.

BAli-Phy can also estimate phylogenies from a fixed alignment (like MrBayes and BEAST) using substitution models like GTR+gamma. BAli-Phy automatically estimates relative rates for each gene.

Inne pakiety związane z bali-phy

• dep: libboost-chrono1.74.0 (>= 1.74.0+ds1)

  C++ representation of time duration, time point, and clocks

• dep: libboost-program-options1.74.0 (>= 1.74.0+ds1)

  program options library for C++

• dep: libboost-random1.74.0 (>= 1.74.0+ds1)

  Boost Random Number Library

• dep: libc6.1 (>= 2.36)

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb

• dep: libcairo2 (>= 1.4.10)

  Cairo - biblioteka do dwuwymiarowej grafiki wektorowej

• dep: libgcc-s1 (>= 4.2)

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

• dep: libunwind8

  Biblioteka do ustalania łańcucha wywołań programu - środowisko uruchomieniowe

• dep: perl

  praktyczny język ekstrakcji i raportowania Larry'ego Walla

• dep: python3

  Interaktywny, wysokopoziomowy i obiektowy język programowania (domyślna wersja Python 3)

• rec: gnuplot

  Interaktywny program do tworzenia wykresów, sterowany z wiersza poleceń
  również pakiet wirtualny udostępniany przez gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

• rec: r-base

  System GNU R do obliczeń statystycznych i prezentacji danych w formie graficznej

• sug: figtree

  Graficzna przeglądarka drzew filogenetycznych

• sug: seaview

  Multiplatform interface for sequence alignment and phylogeny

Pobieranie bali-phy

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
ia64 (port nieoficjalny)	11 619,3 KiB	82 739,0 KiB	[lista plików]