Paquet : bali-phy (4.0~beta2+dfsg-1) [debports]

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Paquet « expérimental »

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inférence bayésienne d’alignement et de phylogénie

BAli-Phy évalue plusieurs alignements de séquence et d’arbres évolutionnaires à partir d’ADN non aligné, d’acide aminé ou de séquences de codons. BAli-Phy utilise MCMC pour évaluer les arbres évolutionnaires, la sélection positive et les longueurs de branches tout en moyennant d’autres alignements possibles. BAli-Phy peut afficher graphiquement l’ambiguïté d’alignement dans un graphe d’incertitude d’alignement (AU).

BAli-Phy peut également évaluer les phylogénies à partir d’un alignement fixé (comme MrBayes et BEAST) grâce à des modèles de substitution tels que GTR+gamma. BAli-Phy évalue automatiquement les taux relatifs de chaque gène.

Autres paquets associés à bali-phy

• dep: libboost-chrono1.74.0 (>= 1.74.0+ds1)

  représentation⋅C++ d'intervalle de temps, de point temporel et d'horloges

• dep: libboost-program-options1.74.0 (>= 1.74.0+ds1)

  bibliothèque d'options de programmes pour C++

• dep: libboost-random1.74.0 (>= 1.74.0+ds1)

  bibliothèque Boost de nombres aléatoires

• dep: libc6.1 (>= 2.36)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

• dep: libcairo2 (>= 1.4.10)

  Bibliothèque graphique vectorielle Cairo 2D

• dep: libgcc-s1 (>= 4.2)

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: libunwind8

  bibliothèque pour déterminer la chaîne d'appel d'un programme –⋅exécutable

• dep: perl

  langage de rapports et d'extractions pratiques de Larry Wall

• dep: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

• rec: gnuplot

  programme de tracé interactif en ligne de commande
  un paquet virtuel est également fourni par gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

• rec: r-base

  système de calcul statistique et de graphique GNU R

• sug: figtree

  visionneuse d'arbres phylogénétiques sous forme graphique

• sug: seaview

  interface multiplateforme pour l’alignement de séquences et la phylogénie

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
ia64 (portage non officiel)	11 619,3 ko	82 739,0 ko	[liste des fichiers]