Pakiet: med-cloud (3.3)

[ Pakiet źródłowy: debian-med  ]

Aplikacje bioinformatyczne Debian Med, znajdujące zastosowanie w chmurze obliczeniowej

Ten metapakiet zainstaluje pakiety Debiana związane z biologią molekularną, biologią strukturalną i bioinformatyką, znajdujące zastosowanie w naukach przyrodniczych, które nie są uzależnione od zestawu narzędzi graficznych i dlatego mogą pomieścić się na obrazach systemowych nadających się do użycia w chmurze obliczeniowej klastrów, gdzie dedykowana przestrzeń może być ograniczona.

Znaczniki: Dziedzina: Biologia molekularna, Rola: Metapakiet

Inne pakiety związane z med-cloud

• dep: med-config (= 3.3)

  Debian Med general config package

• dep: med-tasks (= 3.3)

  Debian Med tasks for tasksel

• rec: abyss

  Nowy, równoległy, sekwencyjny asembler do krótkich odczytów

• rec: acedb-other

  Wyszukiwanie sekwencji DNA lub białek

• rec: aevol

  digital genetics model to run Evolution Experiments in silico

• rec: alien-hunter

  Interpolated Variable Order Motifs to identify horizontally acquired DNA

• rec: altree

  Program do wykonywania analiz dotyczących związku i miejsca na podstawie filogenezy

• rec: amap-align

  Wielokrotne wyrównywanie białek poprzez sekwencyjne wyżarzanie

• rec: ampliconnoise

  Usuwanie szumu z 454 zsekwencjonowanych amplikonów PCR

• rec: anfo

  Short Read Aligner/Mapper from MPG

• rec: aragorn

  tRNA and tmRNA detection in nucleotide sequences

• rec: arden

  specificity control for read alignments using an artificial reference

• rec: autodock

  analysis of ligand binding to protein structure

• rec: autodock-vina

  docking of small molecules to proteins

• rec: autogrid

  Wstępnie obliczanie wiązania ligandów z ich receptorem

• rec: bamtools

  toolkit for manipulating BAM (genome alignment) files

• rec: bedtools

  suite of utilities for comparing genomic features

• rec: bioperl

  Narzędzia do obliczeniowej biologii molekularnej, oparte na Perlu

• rec: bioperl-run

  Nakładki na BioPerl: skrypty

• rec: biosquid

  Narzędzia do analizowania sekwencji biologicznych

• rec: blast2

  transitional dummy package to ncbi-blast+-legacy

• rec: bowtie

  Ultrafast memory-efficient short read aligner

• rec: bowtie2

  ultrafast memory-efficient short read aligner

• rec: boxshade

  Pretty-printing of multiple sequence alignments

• rec: bwa

  Burrows-Wheeler Aligner

• rec: cain

  simulations of chemical reactions

• rec: cassiopee

  index and search tool in genomic sequences

• rec: cd-hit

  Pakiet programów przeznaczonych do szybkiego grupowania sekwencji

• rec: cdbfasta

  Narzędzia do indeksowania i przeszukiwania CDB z plików multi-Fasta

• rec: circos

  Ploter do wizualizacji danych

• rec: clearcut

  Niezwykle wydajna rekonstrukcja drzewa filogenetycznego

• rec: clonalframe

  inference of bacterial microevolution using multilocus sequence data

• rec: clustalo

  General purpose multiple sequence alignment program for proteins

• rec: clustalw

  global multiple nucleotide or peptide sequence alignment

• rec: concavity

  predictor of protein ligand binding sites from structure and conservation

• rec: conservation-code

  protein sequence conservation scoring tool

• rec: datamash

  Narzędzie statystyczne dla interfejsu wiersza poleceń

• rec: dialign

  Dopasowanie wielu sekwencji w oparciu o segmenty

• rec: dialign-tx

  Segment-based multiple sequence alignment

• rec: discosnp

  discovering Single Nucleotide Polymorphism from raw set(s) of reads

• rec: disulfinder

  cysteines disulfide bonding state and connectivity predictor

• rec: dnaclust

  tool for clustering millions of short DNA sequences

• rec: dssp

  protein secondary structure assignment based on 3D structure

• rec: embassy-domainatrix

  Extra EMBOSS commands to handle domain classification file

• rec: embassy-domalign

  Dodatkowe polecenia EMBOSS do wyrównywania domeny białek

• rec: embassy-domsearch

  Dodatkowe polecenia EMBOSS do wyszukiwania domen białkowych

• rec: emboss

  European molecular biology open software suite

• rec: exonerate

  generic tool for pairwise sequence comparison

• rec: fastdnaml

  Narzędzie do budowania drzew filogenetycznych z sekwencji DNA

• rec: fastlink

  faster version of pedigree programs of Linkage

• rec: fastqc

  quality control for high throughput sequence data

• rec: fasttree

  phylogenetic trees from alignments of nucleotide or protein sequences

• rec: fastx-toolkit

  FASTQ/A short nucleotide reads pre-processing tools

• rec: fitgcp

  fitting genome coverage distributions with mixture models

• rec: flexbar

  flexible barcode and adapter removal for sequencing platforms

• rec: freecontact

  fast protein contact predictor

• rec: gasic

  genome abundance similarity correction

• rec: genometools

  Wszechstronny zestaw narzędzi do analizy genomu

• rec: gff2aplot

  pair-wise alignment-plots for genomic sequences in PostScript

• rec: gff2ps

  Tworzenie grafiki PostScript z plików GFF

• rec: giira

  RNA-Seq driven gene finding incorporating ambiguous reads

• rec: glam2

  gapped protein motifs from unaligned sequences

• rec: grinder

  Versatile omics shotgun and amplicon sequencing read simulator

• rec: gromacs

  Molecular dynamics simulator, with building and analysis tools

• rec: hhsuite

  sensitive protein sequence searching based on HMM-HMM alignment

• rec: hmmer

  profile hidden Markov models for protein sequence analysis

• rec: idba

  iterative De Bruijn Graph short read assemblers

• rec: infernal

  Wyrównywanie drugorzędowej struktury RNA

• rec: jellyfish

  count k-mers in DNA sequences

• rec: kalign

  Globalne i progresywne dopasowywanie wielu sekwencji

• rec: kissplice

  Detection of various kinds of polymorphisms in RNA-seq data

• rec: last-align

  Porównywanie sekwencji biologicznych w skali genomu

• rec: loki

  MCMC linkage analysis on general pedigrees

• rec: macs

  Model-based Analysis of ChIP-Seq on short reads sequencers

• rec: mafft

  Multiple alignment program for amino acid or nucleotide sequences

• rec: mapsembler2

  bioinformatics targeted assembly software

• rec: maq

  maps short fixed-length polymorphic DNA sequence reads to reference sequences

• rec: melting

  compute the melting temperature of nucleic acid duplex

• rec: minia

  short-read biological sequence assembler

• rec: mipe

  Narzędzia do przechowywania danych pochodzących z PCR

• rec: mira-assembler

  Whole Genome Shotgun and EST Sequence Assembler

• rec: mlv-smile

  Find statistically significant patterns in sequences

• rec: mothur

  Zestaw narzędzi analizy sekwencyjnej do badań nad florą bakteryjną

• rec: mrbayes

  Bayesian Inference of Phylogeny

• rec: mummer

  Efficient sequence alignment of full genomes

• rec: muscle

  Multiple alignment program of protein sequences

• rec: mustang

  Wielokrotne strukturalne dopasowanie białek

• rec: ncbi-epcr

  Tool to test a DNA sequence for the presence of sequence tagged sites

• rec: ncbi-tools-bin

  Biblioteki NCBI do zastosowań biologicznych - narzędzia z interfejsem tekstowym

• rec: ncoils

  Przewidywanie budowy zwiniętej spirali drugorzędowej struktury

• rec: neobio

  computes alignments of amino acid and nucleotide sequences

• rec: paraclu

  Parametric clustering of genomic and transcriptomic features

• rec: parsinsert

  Parsimonious Insertion of unclassified sequences into phylogenetic trees

• rec: pdb2pqr

  Preparation of protein structures for electrostatics calculations

• rec: perm

  efficient mapping of short reads with periodic spaced seeds

• rec: phyml

  Phylogenetic estimation using Maximum Likelihood

• rec: phyutility

  simple analyses or modifications on both phylogenetic trees and data matrices

• rec: picard-tools

  Command line tools to manipulate SAM and BAM files

• rec: plink

  whole-genome association analysis toolset

• rec: poa

  Partial Order Alignment for multiple sequence alignment

• rec: prank

  Probabilistic Alignment Kit for DNA, codon and amino-acid sequences

• rec: prime-phylo

  bayesian estimation of gene trees taking the species tree into account

• rec: primer3

  tool to design flanking oligo nucleotides for DNA amplification

• rec: probabel

  Zestaw narzędzi do analizy asocjacyjnej całego genomu

• rec: probcons

  PROBabilistic CONSistency-based multiple sequence alignment

• rec: proda

  Wielokrotne wyrównywanie sekwencji białkowych

• rec: prodigal

  Microbial (bacterial and archaeal) gene finding program

• rec: pynast

  alignment of short DNA sequences

• rec: python-biopython

  Python library for bioinformatics (implemented in Python 2)

• rec: python-cogent

  framework for genomic biology

• rec: python3-biomaj3-cli

  BioMAJ client

• rec: python3-biopython

  Python library for bioinformatics (implemented in Python 3)

• rec: r-bioc-hilbertvis

  GNU R package to visualise long vector data

• rec: r-cran-pvclust

  Hierarchical Clustering with P-Values via Multiscale Bootstrap

• rec: r-cran-qtl

  GNU R package for genetic marker linkage analysis

• rec: r-cran-vegan

  Community Ecology Package for R

• rec: r-other-mott-happy.hbrem

  GNU R package for fine-mapping complex diseases

• rec: raster3d

  Narzędzia do generowania obrazów białek lub innych cząsteczek

• rec: readseq

  Konwersja między różnymi formatami sekwencji białek

• rec: rnahybrid

  Fast and effective prediction of microRNA/target duplexes

• rec: rtax

  Classification of sequence reads of 16S ribosomal RNA gene

• rec: samtools

  Przetwarzanie dopasowań sekwencji w formatach SAM, BAM i CRAM

• rec: seqan-apps

  C++ library for the analysis of biological sequences

• rec: sibsim4

  align expressed RNA sequences on a DNA template

• rec: sigma-align

  Simple greedy multiple alignment of non-coding DNA sequences

• rec: sim4

  tool for aligning cDNA and genomic DNA

• rec: smalt

  Sequence Mapping and Alignment Tool

• rec: snap

  Lokalizacja genów z sekwencji DNA za pomocą ukrytego modelu Markowa

• rec: soapdenovo

  short-read assembly method to build de novo draft assembly

• rec: soapdenovo2

  short-read assembly method to build de novo draft assembly

• rec: squizz

  Konwerter sekwencji i dopasowań genetycznych

• rec: sra-toolkit

  Narzędzia do Sequence Read Archive z NCBI

• rec: ssake

  Aplikacja genomiczna do łączenia milionów bardzo krótkich sekwencji DNA

• rec: staden-io-lib-utils

  programs for manipulating DNA sequencing files

• rec: t-coffee

  Wielosekwencyjne wyrównanie

• rec: tabix

  Narzędzie do indeksowania plików z tabulacjami rozdzielającymi pozycje genomu

• rec: theseus

  superimpose macromolecules using maximum likelihood

• rec: tigr-glimmer

  Gene detection in archea and bacteria

• rec: tophat

  fast splice junction mapper for RNA-Seq reads

• rec: tree-puzzle

  Rekonstrukcja drzew filogenetycznych metodą maksymalnego prawdopodobieństwa

  lub tree-ppuzzle

  Paralelizowana rekonstrukcja drzew filogenetycznych metodą maksymalnego prawdopodobieństwa

• rec: vcftools

  Zbiór narzędzi do pracy z plikami VCF

• rec: velvet

  Nucleic acid sequence assembler for very short reads

• rec: wise

  comparison of biopolymers, like DNA and protein sequences

• rec: zalign

  parallel local alignment of biological sequences

• sug: bagpipe

  Pakiet niedostępny

• sug: cufflinks

  Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq

• sug: embassy-phylip

  EMBOSS conversions of the programs in the phylip package

• sug: gmap

  Dopasowanie splicingowe i tolerancyjne SNP dla mRNA i krótkich odczytów

• sug: qiime

  Pakiet niedostępny

Pobieranie med-cloud

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
all	16,6 KiB	37,0 KiB	[lista plików]