Pakiet: augustus (3.3.2+dfsg-2)

[ Pakiet źródłowy: augustus  ]

gene prediction in eukaryotic genomes

AUGUSTUS is a software for gene prediction in eukaryotic genomic sequences that is based on a generalized hidden Markov model (HMM), a probabilistic model of a sequence and its gene structure. After learning gene structures from a reference annotation, AUGUSTUS uses the HMM to recognize genes in a new sequence and annotates it with the regions of identified genes. External hints, e.g. from RNA sequencing, EST or protein alignments etc. can be used to guide and improve the gene finding process. The result is the set of most likely gene structures that comply with all given user constraints, if such gene structures exist. AUGUSTUS already includes prebuilt HMMs for many species, as well as scripts to train custom models using annotated genomes.

Znaczniki: Dziedzina: Biologia, Bioinformatyka, Zaimplementowane w: implemented-in::c++, interface::commandline, Rola: Program, Nauka: science::calculation, scope::utility, Pakiet narzędziowy interfejsu: Ncurses (terminalowy), Przeznaczenie: use::analysing, works-with::biological-sequence

Inne pakiety związane z augustus

• dep: augustus-data

  data files for AUGUSTUS

• dep: libbamtools2.5.1

  dynamic library for manipulating BAM (genome alignment) files

• dep: libbz2-1.0

  Wysokiej jakości biblioteka kompresji plików - wersja uruchomieniowa

• dep: libc6 (>= 2.15) [nie arm64]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64]

• dep: libcurl3-nss (>= 7.23.1)

  easy-to-use client-side URL transfer library (NSS flavour)

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [amd64]

  Biblioteka wspomagająca GCC

  dep: libgcc1 (>= 1:3.5) [armhf]

  dep: libgcc1 (>= 1:4.5) [arm64]

• dep: libhts2 (>= 1.0)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: liblzma5 (>= 5.1.1alpha+20110809)

  Biblioteka do kompresji w formacie XZ

• dep: libncurses6 (>= 6)

  Biblioteki współdzielone przeznaczone do obsługi terminala

• dep: libssl1.1 (>= 1.1.0)

  Zestaw narzędzi Secure Sockets Layer - biblioteki współdzielone

• dep: libstdc++6 (>= 6)

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

• dep: libtinfo6 (>= 6)

  Współdzielona, niskopoziomowa biblioteka terminfo do obsługi terminala

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

Pobieranie augustus

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	1 134,7 KiB	4 787,0 KiB	[lista plików]
arm64	992,1 KiB	4 349,0 KiB	[lista plików]
armhf	952,2 KiB	3 255,0 KiB	[lista plików]