Pakiet: nanopolish (0.11.0-2)

[ Pakiet źródłowy: nanopolish  ]

consensus caller for nanopore sequencing data

Nanopolish uses a signal-level hidden Markov model for consensus calling of nanopore genome sequencing data. It can perform signal-level analysis of Oxford Nanopore sequencing data. Nanopolish can calculate an improved consensus sequence for a draft genome assembly, detect base modifications, call SNPs and indels with respect to a reference genome and more.

Inne pakiety związane z nanopolish

• dep: libc6 (>= 2.27)

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

• dep: libgcc1 (>= 1:3.3.1)

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  Biblioteka wspierająca GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libhdf5-103

  Hierarchical Data Format 5 (HDF5) - pliki uruchomieniowe - wydanie szeregowe

• dep: libhts2 (>= 1.4.1)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

• dep: python

  Interaktywny, wysokopoziomowy język obiektowy (wersja Python2)

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

• rec: python-biopython

  Python library for bioinformatics (implemented in Python 2)

• rec: python-pysam

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 2)

• sug: make

  Narzędzie do zarządzania procesem kompilacji

• sug: perl

  praktyczny język ekstrakcji i raportowania Larry'ego Walla

Pobieranie nanopolish

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	2 162,9 KiB	9 781,0 KiB	[lista plików]