Paket: nanopolish (0.11.0-2)

[ Quellcode: nanopolish  ]

consensus caller for nanopore sequencing data

Nanopolish uses a signal-level hidden Markov model for consensus calling of nanopore genome sequencing data. It can perform signal-level analysis of Oxford Nanopore sequencing data. Nanopolish can calculate an improved consensus sequence for a draft genome assembly, detect base modifications, call SNPs and indels with respect to a reference genome and more.

Andere Pakete mit Bezug zu nanopolish

• dep: libc6 (>= 2.27)

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

• dep: libgcc1 (>= 1:3.3.1)

  GCC Support-Bibliothek

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  Unterstützungsbibliothek für GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libhdf5-103

  Hierarchisches Datenformat 5 (HDF5) - Laufzeitdateien - serielle Version

• dep: libhts2 (>= 1.4.1)

  C-Bibliothek für Hochdurchsatz-Sequenzierungsdatenformate

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

• dep: python

  Interaktive objektorientierte Hochsprache (Python2-Version)

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

• rec: python-biopython

  Python-Bibliothek für die Bioinformatik (implementiert in Python 2)

• rec: python-pysam

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 2)

• sug: make

  Werkzeug zur Steuerung der Kompilierung

• sug: perl

  Larry Wall's Practical Extraction und Report Language

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Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
amd64	2.162,9 kB	9.781,0 kB	[Liste der Dateien]