Pakiet: iva (1.0.9+ds-11)

[ Pakiet źródłowy: iva  ]

iterative virus sequence assembler

IVA is a de novo assembler designed to assemble virus genomes that have no repeat sequences, using Illumina read pairs sequenced from mixed populations at extremely high depth.

IVA's main algorithm works by iteratively extending contigs using aligned read pairs. Its input can be just read pairs, or additionally you can provide an existing set of contigs to be extended. Alternatively, it can take reads together with a reference sequence.

Znaczniki: Biologia: Kwasy nukleinowe, Dziedzina: Biologia, field::biology:bioinformatics, implemented-in::python, Interfejs użytkownika: Wiersz poleceń, Rola: role::program, works-with::biological-sequence, Działa z: Pliki

Inne pakiety związane z iva

• dep: default-jre-headless

  Standard Java or Java compatible Runtime (headless)

• dep: fastaq (>= 1.6)

  Narzędzia do obsługi plików FASTA i FASTQ

• dep: kmc

  count kmers in genomic sequences

• dep: mummer

  Efficient sequence alignment of full genomes

• dep: perl

  praktyczny język ekstrakcji i raportowania Larry'ego Walla

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: python3-networkx

  tool to create, manipulate and study complex networks (Python3)

• dep: python3-numpy

  Fast array facility to the Python 3 language

• dep: python3-pysam

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

• dep: samtools

  Przetwarzanie dopasowań sekwencji w formatach SAM, BAM i CRAM

• dep: smalt

  Sequence Mapping and Alignment Tool

• rec: bioperl

  Narzędzia do obliczeniowej biologii molekularnej, oparte na Perlu

• rec: r-base-core

  GNU R core of statistical computation and graphics system

• rec: trimmomatic

  flexible read trimming tool for Illumina NGS data

Pobieranie iva

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
armhf	8 377,6 KiB	8 765,0 KiB	[lista plików]