Pakiet: hinge (0.5.0-6 i inne)

[ Pakiet źródłowy: hinge  ]

long read genome assembler based on hinging

HINGE is a genome assembler that seeks to achieve optimal repeat resolution by distinguishing repeats that can be resolved given the data from those that cannot. This is accomplished by adding “hinges” to reads for constructing an overlap graph where only unresolvable repeats are merged. As a result, HINGE combines the error resilience of overlap-based assemblers with repeat-resolution capabilities of de Bruijn graph assemblers.

Inne pakiety związane z hinge

• dep: daligner

  Odkrywanie lokalnego dopasowania między odczytami długich sekwencji nukleotydowych

• dep: dascrubber

  alignment-based scrubbing pipeline for DNA sequencing reads

• dep: dazzdb

  manage nucleotide sequencing read data

• dep: libc6 (>= 2.27)

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

• dep: libfmt7 (>= 7.1.3+ds1)

  fast type-safe C++ formatting library -- library

• dep: libgcc-s1 (>= 3.5)

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libgomp1 (>= 4.2.1)

  Biblioteka wspierająca GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: python3-colormap

  ease manipulation of matplotlib colormaps and color codecs (Python 3)

• dep: python3-matplotlib

  Python based plotting system in a style similar to Matlab (Python 3)

• dep: python3-networkx

  tool to create, manipulate and study complex networks (Python3)

• dep: python3-numpy

  Fast array facility to the Python 3 language

• dep: python3-pbcore

  Python 3 library for processing PacBio data files

• dep: python3-ujson

  ultra fast JSON encoder and decoder for Python 3

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

Pobieranie hinge

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
armel	0.5.0-6+b2	372,4 KiB	2 659,0 KiB	[lista plików]