Paquet : hinge (0.5.0-6 et autres)

[ Paquet source : hinge  ]

assembleur de lectures longues de génome basé sur des « pivots »

HINGE est un « assembleur » pour le génome qui cherche à réaliser une résolution optimale des répétitions en distinguant les répétitions qui peuvent être résolues pour des données de celles qui ne le peuvent pas. Cela est obtenu en ajoutant des « charnières » (hinge) aux lectures pour construire un graphe de chevauchements où les répétitions non résolues sont fusionnées. Au final, HINGE combine la résilience aux erreurs des assembleurs basés sur les chevauchements avec les capacités de résolution de répétitions des assembleurs basés sur les graphes de de Bruijn.

Autres paquets associés à hinge

• dep: daligner

  alignements locaux parmi des lectures longues de séquençages de nucléotide

• dep: dascrubber

  alignment-based scrubbing pipeline for DNA sequencing reads

• dep: dazzdb

  manage nucleotide sequencing read data

• dep: libc6 (>= 2.27)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libfmt7 (>= 7.1.3+ds1)

  fast type-safe C++ formatting library -- library

• dep: libgcc-s1 (>= 3.5)

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libgomp1 (>= 4.2.1)

  bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

• dep: python3-colormap

  manipulation aisée des tables de couleurs de matplotlib et des codecs de couleur – Python 3

• dep: python3-matplotlib

  système de traçage basé sur Python dans un style similaire à celui Matlab –⋅Python⋅3

• dep: python3-networkx

  tool to create, manipulate and study complex networks (Python3)

• dep: python3-numpy

  gestion rapide des tableaux avec le langage Python 3

• dep: python3-pbcore

  bibliothèque de Python 3 pour traiter les fichiers de données de PacBio

• dep: python3-ujson

  ultra fast JSON encoder and decoder for Python 3

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Bibliothèque de compression - binaires

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Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
armel	0.5.0-6+b2	372,4 ko	2 659,0 ko	[liste des fichiers]