Pakiet: reapr (1.0.18+dfsg-5 i inne)
Odnośniki dla reapr
Zasoby systemu Debian:
- Raporty o błędach
- Developer Information
- Dziennik zmian w systemie Debian
- Informacje nt. praw autorskich
- Śledzenie łatek systemu Debian
Pobieranie pakietu źródłowego reapr:
Opiekunowie:
Zasoby zewnętrzne:
- Strona internetowa [www.sanger.ac.uk]
Podobne pakiety:
universal tool for genome assembly evaluation
REAPR is a tool that evaluates the accuracy of a genome assembly using mapped paired end reads, without the use of a reference genome for comparison. It can be used in any stage of an assembly pipeline to automatically break incorrect scaffolds and flag other errors in an assembly for manual inspection. It reports mis-assemblies and other warnings, and produces a new broken assembly based on the error calls.
The software requires as input an assembly in FASTA format and paired reads mapped to the assembly in a BAM file. Mapping information such as the fragment coverage and insert size distribution is analysed to locate mis-assemblies. REAPR works best using mapped read pairs from a large insert library (at least 1000bp). Additionally, if a short insert Illumina library is also available, REAPR can combine this with the large insert library in order to score each base of the assembly.
Inne pakiety związane z reapr
|
|
|
|
-
- dep: bamtools
- toolkit for manipulating BAM (genome alignment) files
-
- dep: libbamtools2.5.2 (>= 2.5.2+dfsg)
- dynamic library for manipulating BAM (genome alignment) files
-
- dep: libc6 (>= 2.34)
- Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb
-
- dep: libfile-copy-link-perl
- Perl extension for replacing a link by a copy of the linked file
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.0)
- Biblioteka wspomagająca GCC
-
- dep: libstdc++6 (>= 11)
- Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3
-
- dep: libtabixpp0 (>= 1.0.0)
- C++ wrapper to tabix indexer
-
- dep: r-base
- System GNU R do obliczeń statystycznych i prezentacji danych w formie graficznej
-
- dep: samtools (>= 1.3)
- Przetwarzanie dopasowań sekwencji w formatach SAM, BAM i CRAM
-
- dep: smalt
- Sequence Mapping and Alignment Tool
-
- dep: snpomatic
- fast, stringent short-read mapping software
-
- dep: tabix
- Narzędzie do indeksowania plików z tabulacjami rozdzielającymi pozycje genomu
Pobieranie reapr
Architektura | Wersja | Rozmiar pakietu | Rozmiar po instalacji | Pliki |
---|---|---|---|---|
i386 | 1.0.18+dfsg-5+b1 | 212,9 KiB | 1 048,0 KiB | [lista plików] |