Pakiet: skesa (2.4.0-6 i inne)

[ Pakiet źródłowy: skesa  ]

strategic Kmer extension for scrupulous assemblies

SKESA is a DeBruijn graph-based de-novo assembler designed for assembling reads of microbial genomes sequenced using Illumina. Comparison with SPAdes and MegaHit shows that SKESA produces assemblies that have high sequence quality and contiguity, handles low-level contamination in reads, is fast, and produces an identical assembly for the same input when assembled multiple times with the same or different compute resources. SKESA has been used for assembling over 272,000 read sets in the Sequence Read Archive at NCBI and for real-time pathogen detection.

Inne pakiety związane z skesa

• dep: libboost-iostreams1.74.0 (>= 1.74.0)

  Biblioteka Boost.Iostreams

• dep: libboost-program-options1.74.0 (>= 1.74.0)

  program options library for C++

• dep: libboost-regex1.74.0-icu72

  pakiet wirtualny udostępniany przez libboost-regex1.74.0

• dep: libboost-timer1.74.0 (>= 1.74.0)

  C++ wall clock and CPU process timers

• dep: libc6 (>= 2.34)

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libncbi-vdb3 (>= 3.0.2+dfsg)

  libraries for using data in the INSDC Sequence Read Archives

• dep: libngs-c++3 (>= 3.0.3+dfsg)

  Next Generation Sequencing language Bindings (C++ runtime)

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

Pobieranie skesa

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	2.4.0-6+b1	494,0 KiB	2 076,0 KiB	[lista plików]