Paquet : skesa (2.4.0-6 et autres)

[ Paquet source : skesa  ]

strategic Kmer extension for scrupulous assemblies

SKESA is a DeBruijn graph-based de-novo assembler designed for assembling reads of microbial genomes sequenced using Illumina. Comparison with SPAdes and MegaHit shows that SKESA produces assemblies that have high sequence quality and contiguity, handles low-level contamination in reads, is fast, and produces an identical assembly for the same input when assembled multiple times with the same or different compute resources. SKESA has been used for assembling over 272,000 read sets in the Sequence Read Archive at NCBI and for real-time pathogen detection.

Autres paquets associés à skesa

• dep: libboost-iostreams1.74.0 (>= 1.74.0)

  bibliothèque Boost.Iostreams

• dep: libboost-program-options1.74.0 (>= 1.74.0)

  bibliothèque d'options de programmes pour C++

• dep: libboost-regex1.74.0-icu72

  paquet virtuel fourni par libboost-regex1.74.0

• dep: libboost-timer1.74.0 (>= 1.74.0)

  horloge C++ et minuteurs de processus de processeur

• dep: libc6 (>= 2.34)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libncbi-vdb3 (>= 3.0.2+dfsg)

  libraries for using data in the INSDC Sequence Read Archives

• dep: libngs-c++3 (>= 3.0.3+dfsg)

  Next Generation Sequencing language Bindings (C++ runtime)

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

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Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	2.4.0-6+b1	494,0 ko	2 076,0 ko	[liste des fichiers]