Package: bamtools (2.5.2+dfsg-6 and others)

[ Source: bamtools  ]

BAM (게놈 정렬) 파일을 조작하기 위한 툴킷

BamTools은 BAM 파일을 사용해서 연국 분석 및 데이타 관리를 용이하게 합니다. 현재 시퀀싱 기술로 생성된 엄청난 양의 데이타를 처리합니다. 이 데이타는 생물 정보학 연구에서 일반적으로 사용되는 텍스트 기반 파서에 의해 쉽게 처리되지 않는 바이너리 형식, 일반적으로 압축된 상태로 저장됩니다.

BamTools는 BAM 파일 지원 및 명령행 툴킷 모두를 위한 C++ API를 제공합니다.

이 패키지는 bamtools 명령행 툴킷입니다.

사용 가능한 bamtools 명령:

 convert  BAM과 다른 여러 형식간 변환
 count    BAM 파일에서 정렬을 인쇄
 coverage 입력된 BAM 파일에서 범위 통계를 인쇄
 filter   사용자 지정 기준에 따라 BAM 파일 필터링
 header   BAM 헤더 정보 인쇄
 index    BAM 파일용 인덱스 생성
 merge    여러 BAM 파일을 하나의 파일로 병합
 random   기존의 BAM 파일에서 임의 정렬을 선택, 테스팅 도구로 더 많이
          사용.
 resolve  쌍방향 읽기 해결 (필요에 따라 IsProperPair 플래그 표시)
 revert   중복 마크 제거 및 원래 기본 품질 복구
 sort     몇몇 기준에 따라 BAM 파일 정렬
 split    사용자 지정 속성에서 BAM 파일 분할, 발견된 각 값에 대한
          새로운 BAM 출력 파일 생성
 stats    입력 BAM 파일에서 몇가지 기본 통계 인쇄

Tags: Implemented in: C++, Role: Program

Other Packages Related to bamtools

• dep: libbamtools2.5.2 (>= 2.5.2+dfsg)

  dynamic library for manipulating BAM (genome alignment) files

• dep: libc6 (>= 2.38)

  GNU C 라이브러리: 공유 라이브러리
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.5)

  GCC 기능 지원 라이브러리

• dep: libjsoncpp26 (>= 1.9.6)

  library for reading and writing JSON for C++

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  GNU 표준 C++ 라이브러리 v3

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Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
armel	2.5.2+dfsg-6+b1	165.7 kB	569.0 kB	[list of files]