Package: augustus (3.4.0+dfsg2-2)

[ Source: augustus  ]

진핵생물 게놈의 유전자 예측

AUGUSTUS는 서열과 그 유전자 구조의 확율 모델인, 일반화된 은닉 마르코프 모델 (HMM)을 기반으로 하는 진핵생물 게놈 서열의 유전자 예측용 소프트웨어입니다. AUGUSTUS는 참조 주석에서 유전자 구조를 학습한후, HMM을 사용해서 새로운 서열에 유전자를 인식하고 식별된 유전자 영역에 주석을 답니다. RNA 서열, EST 또는 단백질 정렬 같은, 외부 힌트를 통해 유전자 발견 과정을 안내하고 개선하는데 사용할 수 있습니다. 해당 유전자가 존재하는 경우, 결과는 주어진 모든 사용자 제약 조건을 준수하는 가장 가능성 높은 유전자 구조 세트입니다. AUGUSTUS는 많은 종에 대해 사전 구축된 HMM은 물론 주석 달린 게놈을 사용해서 맞춤형 모델을 훈련하는 스크립트도 포함합니다.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c++, interface::commandline, Role: Program, Science: science::calculation, scope::utility, Interface Toolkit: Ncurses TUI, Purpose: use::analysing, works-with::biological-sequence

Other Packages Related to augustus

• dep: augustus-data

  data files for AUGUSTUS

• dep: libbamtools2.5.1 (>= 2.5.1+dfsg)

  dynamic library for manipulating BAM (genome alignment) files

• dep: libboost-iostreams1.74.0 (>= 1.74.0)

  Boost.Iostream 라이브러리

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU C 라이브러리: 공유 라이브러리
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libcolamd2 (>= 1:4.5.2)

  column approximate minimum degree ordering library for sparse matrices

• dep: libgcc-s1 (>= 4.5)

  GCC 기능 지원 라이브러리

• dep: libgsl25 (>= 2.6)

  GNU Scientific Library (GSL) -- library package

• dep: libhts3 (>= 1.10)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libmariadb3 (>= 3.0.0)

  MariaDB database client library

• dep: libmysql++3v5 (>= 3.2.5-1~)

  MySQL C++ library bindings (runtime)

• dep: libsqlite3-0 (>= 3.5.9)

  SQLite 3 공유 라이브러리

• dep: libstdc++6 (>= 9)

  GNU 표준 C++ 라이브러리 v3

• rec: samtools

  SAM, BAM, CRAM 형식에서 시퀀스 정렬 처리

• sug: cdbfasta

  Constant DataBase indexing and retrieval tools for multi-FASTA files

• sug: diamond-aligner

  accelerated BLAST compatible local sequence aligner

• sug: libdbd-mysql-perl

  Perl5 database interface to the MariaDB/MySQL database

• sug: libfile-which-perl

  실행 프로그램에 대한 경로를 검색하기 위한 펄 모듈

• sug: libparallel-forkmanager-perl

  simple parallel processing fork manager for Perl

• sug: libyaml-perl

  YAML Ain't Markup Language

• sug: python3-biopython

  Python3 library for bioinformatics

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