パッケージ: lighter (1.1.3-1)

[ ソース: lighter  ]

fast and memory-efficient sequencing error corrector

Lighter is a fast, memory-efficient tool for correcting sequencing errors. Lighter avoids counting k-mers. Instead, it uses a pair of Bloom filters, one holding a sample of the input k-mers and the other holding k-mers likely to be correct. As long as the sampling fraction is adjusted in inverse proportion to the depth of sequencing, Bloom filter size can be held constant while maintaining near-constant accuracy. Lighter is parallelized, uses no secondary storage, and is both faster and more memory-efficient than competing approaches while achieving comparable accuracy.

その他の lighter 関連パッケージ

• dep: libc6 (>= 2.38)

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [armel, armhf, i386 以外]

  GCC 共有ライブラリ

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386]

• dep: libstdc++6 (>= 5)

  GNU 標準 C++ ライブラリ v3

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [armel, armhf 以外]

  圧縮ライブラリ - ランタイム

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf]

lighter のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
amd64	48.1 kB	132.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	45.6 kB	180.0 kB	[ファイル一覧]
armel	46.2 kB	123.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	46.0 kB	103.0 kB	[ファイル一覧]
i386	50.8 kB	135.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	49.2 kB	182.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	51.1 kB	180.0 kB	[ファイル一覧]
riscv64	47.6 kB	108.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	53.7 kB	140.0 kB	[ファイル一覧]