パッケージ: clonalframe (1.2-11 など)

[ ソース: clonalframe  ]

多座配列データを用いたバクテリアの小進化推定

ClonalFrame はサンプル中のメンバー間のクローン関係を同定します。また、 クローン継承を打ち切った染色体の相同組み換えイベントの位置を推定します。

ClonalFrame は DNA の単一フラグメントからゲノム全体まで、どんな種類の 配列データにも適用できます。7つの遺伝子フラグメントがシーケンシングされている MLST データの解析に最も適していますが、シーケンシングされた領域の長さと個数の 両方が増え、ゲノム全体までおよぶにつれて段階的により強力になっていきます。 しかし、配列はアラインされている必要があります。もしアラインされていないゲノム データをお持ちなら、バクテリアゲノム全体を ClonalFrame が必要とするまさに その形式でアラインしてくれる Mauve を利用することをお勧めします。

タグ: 実装言語: C++, 役割: プログラム

その他の clonalframe 関連パッケージ

• dep: libc6 (>= 2.38)

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [armel, armhf 以外]

  GCC 共有ライブラリ

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libgsl28 (>= 2.8+dfsg)

  GNU Scientific Library (GSL) -- library package

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  GNU 標準 C++ ライブラリ v3

• sug: clonalframeml

  Efficient Inference of Recombination in Whole Bacterial Genomes

clonalframe のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
amd64	1.2-11+b3	51.5 kB	143.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	1.2-11+b3	46.9 kB	151.0 kB	[ファイル一覧]
armel	1.2-11+b3	43.9 kB	118.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	1.2-11+b3	42.1 kB	90.0 kB	[ファイル一覧]
i386	1.2-11+b3	54.3 kB	134.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	1.2-11+b3	54.9 kB	223.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	1.2-11+b3	56.6 kB	215.0 kB	[ファイル一覧]
riscv64	1.2-11+b2	51.1 kB	111.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	1.2-11+b3	53.9 kB	147.0 kB	[ファイル一覧]