パッケージ: clonalframeml (1.13-1 など)

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類似のパッケージ:

Efficient Inference of Recombination in Whole Bacterial Genomes

ClonalFrameML is a software package that performs efficient inference of recombination in bacterial genomes. ClonalFrameML was created by Xavier Didelot and Daniel Wilson. ClonalFrameML can be applied to any type of aligned sequence data, but is especially aimed at analysis of whole genome sequences. It is able to compare hundreds of whole genomes in a matter of hours on a standard Desktop computer. There are three main outputs from a run of ClonalFrameML: a phylogeny with branch lengths corrected to account for recombination, an estimation of the key parameters of the recombination process, and a genomic map of where recombination took place for each branch of the phylogeny.

ClonalFrameML is a maximum likelihood implementation of the Bayesian software ClonalFrame which was previously described by Didelot and Falush (2007). The recombination model underpinning ClonalFrameML is exactly the same as for ClonalFrame, but this new implementation is a lot faster, is able to deal with much larger genomic dataset, and does not suffer from MCMC convergence issues

その他の clonalframeml 関連パッケージ

依存

推奨

提案

enhances

dep: libc6 (>= 2.34)

GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [armel, armhf 以外]

GCC 共有ライブラリ

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
dep: libstdc++6 (>= 13.1)

GNU 標準 C++ ライブラリ v3

clonalframeml のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード
アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
amd64	1.13-1	103.9 kB	283.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	1.13-1+b1	95.2 kB	280.0 kB	[ファイル一覧]
armel	1.13-1	90.4 kB	254.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	1.13-1	86.3 kB	182.0 kB	[ファイル一覧]
i386	1.13-1	103.4 kB	286.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	1.13-1	94.0 kB	349.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	1.13-1	103.3 kB	343.0 kB	[ファイル一覧]
riscv64	1.13-1	98.2 kB	207.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	1.13-1	103.4 kB	283.0 kB	[ファイル一覧]