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パッケージ: lagan (2.0-10) [debports]

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highly parametrizable pairwise global genome sequence aligner

Lagan takes local alignments generated by CHAOS as anchors, and limits the search area of the Needleman-Wunsch algorithm around these anchors.

Multi-LAGAN is a generalization of the pairwise algorithm to multiple sequence alignment. M-LAGAN performs progressive pairwise alignments, guided by a user-specified phylogenetic tree. Alignments are aligned to other alignments using the sum-of-pairs metric.

その他の lagan 関連パッケージ

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hppa (非公式の移植版) 174.6 kB716.0 kB [ファイル一覧]