パッケージ: garlic (1.6-3 など)

[ ソース: garlic  ]

visualization program for biomolecules

Garlic is written for the investigation of membrane proteins. It may be used to visualize other proteins, as well as some geometric objects. This version of garlic recognizes PDB format version 2.1. Garlic may also be used to analyze protein sequences.

It only depends on the X libraries, no other libraries are needed.

Features include:

 - The slab position and thickness are visible in a small window.
 - Atomic bonds as well as atoms are treated as independent drawable
   objects.
 - The atomic and bond colors depend on position. Five mapping modes
   are available (as for slab).
 - Capable to display stereo image.
 - Capable to display other geometric objects, like membrane.
 - Atomic information is available for atom covered by the mouse
   pointer. No click required, just move the mouse pointer over the
   structure!
 - Capable to load more than one structure.
 - Capable to draw Ramachandran plot, helical wheel, Venn diagram,
   averaged hydrophobicity and hydrophobic moment plot.
 - The command prompt is available at the bottom of the main window.
   It is able to display one error message and one command string.

タグ: 分野: 生物学, 化学, ユーザインタフェース: interface::commandline, interface::graphical, X ウィンドウシステム, 役割: プログラム, 対象範囲: scope::utility, uitoolkit::xlib, 目的: データの可視化, X ウィンドウシステム: アプリケーション

その他の garlic 関連パッケージ

• dep: libc6 (>= 2.11) [hppa]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  dep: libc6 (>= 2.16) [x32]

  dep: libc6 (>= 2.17) [ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.28) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.34) [arm64, riscv64]

  dep: libc6 (>= 2.7) [armel, armhf, i386, m68k, mips64el, ppc64, s390x, sparc64]

• dep: libc6.1 (>= 2.28) [ia64]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.7) [alpha]

• dep: libx11-6

  X11 クライアントサイドライブラリ

• sug: garlic-doc

  [Chemistry] a molecular visualization program - documents

• sug: openbabel

  Chemical toolbox utilities (cli)

garlic のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
alpha (非公式の移植版)	1.6-3	231.8 kB	961.0 kB	[ファイル一覧]
amd64	1.6-3+b1	218.3 kB	833.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	1.6-3+b1	206.5 kB	792.0 kB	[ファイル一覧]
armel	1.6-3	200.0 kB	764.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	1.6-3	191.2 kB	596.0 kB	[ファイル一覧]
hppa (非公式の移植版)	1.6-3	205.2 kB	746.0 kB	[ファイル一覧]
i386	1.6-3	212.6 kB	868.0 kB	[ファイル一覧]
ia64 (非公式の移植版)	1.6-3	263.8 kB	1,400.0 kB	[ファイル一覧]
m68k (非公式の移植版)	1.6-3	190.1 kB	740.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	1.6-3	213.1 kB	909.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64 (非公式の移植版)	1.6-3	230.6 kB	984.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	1.6-3	257.4 kB	1,176.0 kB	[ファイル一覧]
riscv64	1.6-3+b1	230.4 kB	708.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	1.6-3	188.4 kB	788.0 kB	[ファイル一覧]
sh4 (非公式の移植版)	1.6-3	259.7 kB	756.0 kB	[ファイル一覧]
sparc64 (非公式の移植版)	1.6-3	190.7 kB	787.0 kB	[ファイル一覧]
x32 (非公式の移植版)	1.6-3	216.5 kB	800.0 kB	[ファイル一覧]