パッケージ: tvc (5.0.3+git20151221.80e144e+dfsg-2)

[ ソース: tvc  ]

genetic variant caller for Ion Torrent sequencing platforms

Torrent Variant Caller (TVC) is a genetic variant caller for Ion Torrent sequencing platforms, and is specially optimized to exploit the underlying flow signal information in the statistical model to evaluate variants. Torrent Variant Caller is designed to call single-nucleotide polymorphisms (SNPs), multi-nucleotide polymorphisms (MNPs), insertions, deletions, and block substitutions.

その他の tvc 関連パッケージ

• dep: libarmadillo9 (>= 1:9.200.6+dfsg)

  C++ の簡素化した線形代数ライブラリ

• dep: libbamtools2.5.1

  dynamic library for manipulating BAM (genome alignment) files

• dep: libblas3

  基本線形代数のリファレンス実装 - 共有ライブラリ

  または libblas.so.3

  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージです: libatlas3-base, libblas3, libblis2-openmp, libblis2-pthread, libblis2-serial, libopenblas-base

• dep: libc6 (>= 2.27)

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

• dep: libdisorder0 (>= 0.0.2)

  library for entropy measurement of byte streams

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0)

  GCC 共有ライブラリ

• dep: libjsoncpp1 (>= 1.7.4)

  library for reading and writing JSON for C++

• dep: liblapack3

  線形代数ルーチンライブラリ 3 - 共有ライブラリ版

  または liblapack.so.3

  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージです: libatlas3-base, liblapack3, libopenblas-base

• dep: libsmithwaterman0 (>= 0.0+git20160702.2610e25)

  determine similar regions between two strings or genomic sequences (lib)

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  GNU 標準 C++ ライブラリ v3

• dep: python

  対話式の高レベルオブジェクト指向言語 (Python2 バージョン)

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  圧縮ライブラリ - ランタイム

tvc のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
i386	1,064.7 kB	3,372.0 kB	[ファイル一覧]