Paket: tvc (5.0.3+git20151221.80e144e+dfsg-2)

[ Quellcode: tvc  ]

genetic variant caller for Ion Torrent sequencing platforms

Torrent Variant Caller (TVC) is a genetic variant caller for Ion Torrent sequencing platforms, and is specially optimized to exploit the underlying flow signal information in the statistical model to evaluate variants. Torrent Variant Caller is designed to call single-nucleotide polymorphisms (SNPs), multi-nucleotide polymorphisms (MNPs), insertions, deletions, and block substitutions.

Andere Pakete mit Bezug zu tvc

• dep: libarmadillo9 (>= 1:9.200.6+dfsg)

  streamlined C++ linear algebra library

• dep: libbamtools2.5.1

  dynamic library for manipulating BAM (genome alignment) files

• dep: libblas3

  Grundlegende Unterprogramme für Lineare Algebra, gemeinsame Bibliothek

  oder libblas.so.3

  virtuelles Paket, bereitgestellt durch libatlas3-base, libblas3, libblis2-openmp, libblis2-pthread, libblis2-serial, libopenblas-base

• dep: libc6 (>= 2.27)

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

• dep: libdisorder0 (>= 0.0.2)

  library for entropy measurement of byte streams

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0)

  GCC Support-Bibliothek

• dep: libjsoncpp1 (>= 1.7.4)

  library for reading and writing JSON for C++

• dep: liblapack3

  Bibliothek von Routinen für Lineare Algebra (3) - gemeinsame Version

  oder liblapack.so.3

  virtuelles Paket, bereitgestellt durch libatlas3-base, liblapack3, libopenblas-base

• dep: libsmithwaterman0 (>= 0.0+git20160702.2610e25)

  determine similar regions between two strings or genomic sequences (lib)

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

• dep: python

  Interaktive objektorientierte Hochsprache (Python2-Version)

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

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Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
i386	1.064,7 kB	3.372,0 kB	[Liste der Dateien]