パッケージ: spades (3.13.1+dfsg-2 など)

[ ソース: spades  ]

genome assembler for single-cell and isolates data sets

The SPAdes – St. Petersburg genome assembler is intended for both standard isolates and single-cell MDA bacteria assemblies. It works with Illumina or IonTorrent reads and is capable of providing hybrid assemblies using PacBio and Sanger reads. You can also provide additional contigs that will be used as long reads.

タグ: 生物学: 核酸, 分野: 生物学, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, 実装言語: Python, ユーザインタフェース: interface::commandline, role::program, 対象範囲: ユーティリティ, 取り扱い対象: works-with::biological-sequence, works-with::file

その他の spades 関連パッケージ

• dep: bamtools

  BAM（ゲノムアラインメント）ファイルの操作用ツール

• dep: bwa

  Burrows-Wheeler Aligner

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 4.0)

  GCC 共有ライブラリ

• dep: libgomp1 (>= 6)

  GCC OpenMP (GOMP) サポートライブラリ

• dep: libhat-trie0

  HAT-trie, an extremely efficient (space and time) modern variant of tries

• dep: libnlopt0 (>= 2.6.1)

  nonlinear optimization library

• dep: libssw0 (>= 1.1)

  fast SIMD parallelized implementation of the Smith-Waterman algorithm

• dep: libstdc++6 (>= 9)

  GNU 標準 C++ ライブラリ v3

• dep: python3

  対話式の高レベルオブジェクト指向言語 (デフォルト python3 バージョン)

• dep: python3-distutils

  distutils package for Python 3.x

• dep: python3-joblib

  tools to provide lightweight pipelining in Python

• dep: python3-yaml

  YAML parser and emitter for Python3

• dep: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  圧縮ライブラリ - ランタイム

spades のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
amd64	3.13.1+dfsg-2+b2	4,664.7 kB	22,622.0 kB	[ファイル一覧]