パッケージ: fasttree (2.1.11-2)

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ホームページ [www.microbesonline.org]

類似のパッケージ:

phylogenetic trees from alignments of nucleotide or protein sequences

FastTree infers approximately-maximum-likelihood phylogenetic trees from alignments of nucleotide or protein sequences. It handles alignments with up to a million of sequences in a reasonable amount of time and memory. For large alignments, FastTree is 100-1,000 times faster than PhyML 3.0 or RAxML 7.

FastTree is more accurate than PhyML 3 with default settings, and much more accurate than the distance-matrix methods that are traditionally used for large alignments. FastTree uses the Jukes-Cantor or generalized time-reversible (GTR) models of nucleotide evolution and the JTT (Jones-Taylor-Thornton 1992) model of amino acid evolution. To account for the varying rates of evolution across sites, FastTree uses a single rate for each site (the "CAT" approximation). To quickly estimate the reliability of each split in the tree, FastTree computes local support values with the Shimodaira-Hasegawa test (these are the same as PhyML 3's "SH-like local supports").

This package contains a single threaded version (fasttree) and a parallel version which uses OpenMP (fasttreMP).

その他の fasttree 関連パッケージ

依存

推奨

提案

enhances

dep: libc6 (>= 2.29)

GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb
dep: libgomp1 (>= 6)

GCC OpenMP (GOMP) サポートライブラリ

fasttree のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード
アーキテクチャ	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
amd64	176.6 kB	483.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	167.5 kB	465.0 kB	[ファイル一覧]
armel	172.2 kB	509.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	164.9 kB	385.0 kB	[ファイル一覧]
i386	178.9 kB	517.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	171.5 kB	527.0 kB	[ファイル一覧]
mipsel	171.8 kB	515.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	181.9 kB	635.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	166.4 kB	493.0 kB	[ファイル一覧]