パッケージ: ngmlr (0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-2 など)

ngmlr に関するリンク

Debian の資源:

ngmlr ソースパッケージをダウンロード:

メンテナ:

外部の資源:

ホームページ [github.com]

類似のパッケージ:

CoNvex Gap-cost alignMents for Long Reads

Ngmlr is a long-read mapper designed to sensitively align PacBilo or Oxford Nanopore to (large) reference genomes. It was designed to quickly and correctly align the reads, including those spanning (complex) structural variations. Ngmlr uses an SV aware k-mer search to find approximate mapping locations for a read and then a banded Smith- Waterman alignment algorithm to compute the final alignment. Ngmlr uses a convex gap cost model that penalizes gap extensions for longer gaps less than for shorter ones to compute precise alignments.

その他の ngmlr 関連パッケージ

依存

推奨

提案

enhances

dep: libc6 (>= 2.34)

GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [armel, armhf, i386, mipsel 以外]

GCC 共有ライブラリ

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]
dep: libssw0 (>= 1.1)

fast SIMD parallelized implementation of the Smith-Waterman algorithm
dep: libstdc++6 (>= 11)

GNU 標準 C++ ライブラリ v3
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

圧縮ライブラリ - ランタイム

ngmlr のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード
アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
amd64	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-2+b1	673.7 kB	1,157.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-2+b1	653.3 kB	1,173.0 kB	[ファイル一覧]
armel	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-2+b1	648.7 kB	1,172.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-2+b1	649.2 kB	1,044.0 kB	[ファイル一覧]
i386	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-2+b1	680.7 kB	1,184.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-2+b1	657.3 kB	1,260.0 kB	[ファイル一覧]
mipsel	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-2+b1	660.6 kB	1,256.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-2+b1	677.5 kB	1,301.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-2+b1	655.1 kB	1,173.0 kB	[ファイル一覧]